Uganda menjadi tuan rumah kepada universiti tertua di Timur Tengah dan Afrika, yang Makerere Universiti. Universiti ini telah menjadi pusat kecemerlangan akademik selama beberapa dekad untuk bukan sahaja Ugandans pelajar tetapi juga pelajar-pelajar lain di rantau ini. Uganda mempunyai lebih 30 universiti awam.

Kursus musim panas dalam talian yang ditawarkan oleh majoriti institusi lepasan menengah. Pembelajaran dalam talian membolehkan pelajar mengambil kursus daripada mana-mana sahaja di dunia. Pelajar mencari pengalaman bilik darjah bukan tradisional perlu mengambil kursus musim panas dalam talian.